Une étude qui montre que le protocole révisé du test prénatal non-invasif détecte le syndrome d’Angelman et d’autres anomalies génétiques.

Une nouvelle étude publiée dans Clinical genetics montre que les délétions génomiques associées aux syndromes d’Angelman, de 1p36, du cri-du-chat et Prader-Willi peuvent être plus précisément détectées avec le protocole révisé du test prénatal non-invasif.

Le test analyse de minuscules morceaux de l’ADN du fœtus qui circulent librement dans le sang de la mère, et détecte de petites modifications dans les nucleotides (éléments constitutifs de l’ADN) qui peuvent signaler une certaine maladie génétique.

Les anomalies chromosomiques dans les fœtus peuvent concerner l’anomalie d’un chromosome dans sa totalité, comme dans la trisomie 21, ou des anomalies microscopiques, comme dans le Syndrome d’Angelman. Les anomalies microscopiques consistent en général à un certain nombre de copies de variants (CNVs) qui peuvent être soit des microdélétions dans le code génétique soit des micro-duplications.

La prévalence de ces micro-délétions peut conduire à des phénotypes cliniquement significatifs (caractéristiques observables d’un organisme). Quand une anomalie structurelle indiquant une micro-délétion est observée aux ultrasons, la mère est généralement orientée vers une analyse chromosomique (CMA). Cependant, cette procédure invasive entraîne le prélèvement de cellule fœtale pour analyse et présente le risque de perte du fœtus. Par conséquent, beaucoup de mères enceintes refusent l’examen.

Une procédure non-invasive, appelée SNT-based non-invasive testing (NIPT) aidant à l’identification de micro-délétions consiste en l’analyse de cellules d’ADN libres qui sont présentes dans le plasma de la mère. Cette technique peut dépister cinq différentes anomalies microscopiques chromosomiques : les syndromes d’Angelman (15q11-q13 maternel), de 1p36, du cri-du-chat (5p15.3), et de Prader-Willi (15q11-q13 paternel).

Un des problèmes avec le test est le haut niveau de taux positifs faux. Des études ont montré que le re-séquençage à un haut degré de lecture (HDOR) pouvait augmenter les taux positifs erronés.

Ce qui a conduit les chercheurs de l’université du Connecticut à reconsidérer les résultats de modifications du degré de lecture du test SNP-NIT, et le meilleur seuil de lecture pour déterminer la prévalence de ce cinq microdélétions dans la population.

Ils ont mené une analyse rétrospective d’une année de résultats du test chez 80 449 femmes pour lesquelles une micro-délétion éventuelle avait été évoquée. Parmi elles 420 326 ont été testées pour les cinq micro-délétions et les autres seulement pour 22q11.2, qui est la plus commune des micro-délétions.

Les résultats ont montré que la valeur de prédiction positive pour le test original (SNP-NIPT) était de 15,7% pour le syndrome avec la délétion 22q11.2 et 5,2% pour les quatre autres anomalies confondues. Une valeur prédictive positive indique comme probable que les patients testés ont l’anomalie. En reconduisant le test avec le protocole révisé incluant HDOR, on a observé que la valeur prédictive positive avait augmenté de 44,2% pour 22q11.2 et de 37,7% pour les quatre autres micro-délétions.

Par ailleurs initialement, le taux de fausse positivité pour le SNP-NIPT était de 0,33% pour le syndrome avec la délétion 22q11.2. Après reconduction de l’analyse avec le protocole révisé, les taux ont diminué jusqu’à 0,07%. De plus, pour les quatre autres anomalies, le taux a baissé de 0,56% à 0,07%.

Les chercheurs ont déterminé que la prévalence minimale de ces cinqs anomalies dans la population était de 1/1,255 pour le syndrome avec délétion de 22q11.2 et de 1/1,464 pour les syndromes de 1p36, du cri du chat, de Prader Willy et d’Angelman dans la population de référence.

« Les résultats du protocole de test original pour le syndrome de la délétion de 22q11.2 dans la cohorte est similaire à ce qui avait été démontré auparavant. Nous montrons aussi qu’appliquer un seuil plus strict, de meilleure qualité et plus fiable et par là-même, soumettre les échantillons à haut risque à un niveau supérieur de lecture avec le protocole du test révisé réduisait les taux de fausse positivité et augmentait nettement les prédictions positives valables. Au vu des améliorations de ces résultats, le protocole révisé s’est vu mis commercialement en œuvre » ont conclu les auteurs.

Texte paru dans Angelman Syndrome News le 29 septembre 2017 et traduit par Anne Chateau.

Les références de l’article d’origine sur Clinicalgenetics : http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/cge.13098/epdf

et celui de Angelman Syndrome News: https://angelmansyndromenews.com/2017/09/29/revised-test-protocol-boosts-accuracy-of-angelman-syndrome-detection/